José Leonardo Chirino quien no llegó a tiempo para participar en el combate, al saber la derrota se internó en la serranía, trata de reorganizarse. Escribe al cacique y a los indios de Pecaya, pidiéndoles incorporación a la lucha y prometiéndoles que no pagarían demora, esto es, un tributo especial de los indígenas y que ahora se les cobraba en dinero efectivo. Pero, tres meses después la traición de un antiguo compañero facilita su captura y traslado hacia Caracas, donde la Real Audiencia lo condena a muerte por delito de subversión. Se le condena "a muerte de horca que se ejecutará en la plaza principal de esta capital adonde será arrastrado desde la Cárcel Real, y verificada su muerte, se le cortará la cabeza y las manos y se pondrá aquella en una jaula de fierro sobre un palo de veinte pies de largo en el camino que sale de esta misma ciudad para Coro y para los Valles de Aragua, y las manos serán remitidas a esa misma ciudad de Coro para que una de ellas se clave en un palo de la propia altura y se fije en la inmediación de la aduana llamada de Caujarao, camino de Curimagua, y la otra en los propios términos en la altura de la sierra."
Su hija Viviana fue vendida por 200 pesos y a sus dos hijos los vendieron por 120 y 150 pesos respectivamente. Y como última medida se incluye en el escudo de la ciudad de Coro las tres cabezas degolladas y sangrantes de José Leonardo y sus lugartenientes, como pública advertencia a quienes tuvieran pensado levantarse contra Dios y el Rey.
La condena es realizada conforme a la tradición colonial y en concordancia con los agravios infligidos por el alzado a los sectores dominantes. El 10 de diciembre de 1796, Chirino es inmolado en la horca, en plaza pública y su cuerpo fue descuartizado y colocadas sus partes en distintos lugares.
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